Préparation d'un gel de protéine, dépôt des échantillons avant électrophorèse.
Coloration au bleu de Coomassie de protéines recombinantes après électrophorèse.
Immunomarquage de protéines après électrophorèse.
Observation microscopique de cellules en culture.
Plaques et boites de culture cellulaire.
Il a été récemment montré que le système immunitaire peut apporter une contribution décisive à l'efficacité thérapeutique des immunothérapies anticancéreuses conventionnelles (chimiothérapie et radiothérapie). Notre objectif est de concevoir des protocoles chimio-immunothérapeutiques adaptés à chaque patient.
Nous focalisons notre intérêt sur le NSCLC, le cancer digestif et le cancer du sein. Notre stratégie consiste à modéliser le traitement humain de la chimio-immunothérapie ou des thérapies ciblées plus l'immunothérapie dans des modèles animaux précliniques. Nous utilisons des modèles de résistance aux traitements classiques pour d'abord expliquer les mécanismes de résistance et ainsi développer des stratégies innovantes pour circonvenir l'immunorésistance.
Nous abordons actuellement le rôle des fibroblastes et du TGF beta dans l'immunorésistance dans le cancer du sein, le rôle de l'IL1 dans l'efficacité des chimio-immunothérapies dans les cancers du poumon et digestif, le rôle de la voie MAPK dans l'immunorésistance dans le cancer du poumon et enfin nous décryptons le rôle des lymphocytes T CD4 dans leur capacité à ajuster l'efficacité des inhibiteurs de points de contrôle.
Analyse d'images après numérisation :
Nous possédons des capacités à développer des scripts informatiques pour l'analyse d'images principalement en fond clair de coloration standard (HE ou HES ou trichrome) ou d'immunohistochimie (DAB ou à l'AEC) sur de larges ou de faibles cohortes. Nous pouvons également mettre au point des modèles d'intelligence artificielle pour classer les tissus par « machine learning » ou « deep learning ». Les paramètres de textures d'images extraits peuvent être associés aux données cliniques afin de notamment déterminer le pronostic des malades.
Analyse de données issues du séquençage:
Nous proposons des compétences pour l'analyse de données de séquençage, notamment des données de single-cell RNAseq, RNAseq et Whole Exome (WES). Les données brutes sont d’abord pré-traitées grâce à des pipelines bioinformatiques adaptés et des analyses statistiques dédiées aux données de grande dimension sont ensuite appliquées pour relier ces données à des variables cliniques d'intérêt.
Metabolism reprogramming is a hallmark of cancers and one aproach to kill cancer cells is to interfere with the metabolic rewiring. We are interested in understanding the role of fatty acid reprogramming in cancer cells and their heterotypic interactions with immune cells. Moreover, we evaluate the effect of dietary lipids on cancer progression and metabolism regulation.
Les cellules lymphoïdes font partie d’une grande famille de cellules composée de populations immunitaires innées et adaptatives.
Lors du développement d’un cancer, les cellules du système immunitaire perdent leur efficacité à combattre la maladie. Comprendre les mécanismes régissant la différenciation, l’activation, la migration et l’épuisement des lymphocytes T ainsi que l’impact des traitements anti tumoraux sur ces cellules est une étape nécessaire pour identifier à terme des stratégies de restauration de la réponse immunitaire anti-tumorale. Dans ce contexte, nos recherches visent à explorer les fonctions non canoniques de NLRP3 dans les lymphocytes T et leurs impacts sur le microenvironnement tumoral et la réponse aux traitements.
Les ILCs sont des cellules immunitaires innées découvertes à la fin des années 2000. Leurs rôles dans la réponse immunitaire anti-tumorale reste à décrypter. Le second objectif de notre groupe est de comprendre leurs fonctions, non seulement dans l’environnement tumoral mais aussi lors de la réponse aux thérapies. Nos précédents résultats montrent que les ILCs peuvent agir comme un chef d’orchestre dans l’établissement de la réponse au traitement. Ainsi, leur étude pourrait permettre d’identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques pour améliorer e recrutement des cellules immunitaires ainsi que leur activité.
Equipe :
Chercheurs statutaires :
Chercheurs non statutaires :
Contact: dominique.delmas@u-bourgogne.fr
Le groupe de recherche BMH « Molécules Bioactives et Santé » effectue une recherche transdisciplinaire à visée translationnelle , dans le but d’étudier les effets « santé » de molécules bioactives, d’extraits ou de formulations dans des maladies dégénératives (cancers, pathologies inflammatoires et immunes, pathologies liées à l’âge) au tour de deux axes majeurs, l’un à caractère fondamentale et translationnel, l’autre à visée de valorisation industriel :
Cet axe de recherche initié en 2010 se veut translationnel et pluridisciplinaire mêlant à la fois un volet de recherche préclinique sur des modèles animaux et un volet de recherche clinique réalisé sur des patients atteints de pathologies évolutives (i.e. cancers) ou évoluant vers un échec thérapeutique. Ces travaux sont réalisés en collaboration étroites entre différentes équipes du Centre Inserm U1231 (Epidémiologie des cancers, Biochimie, Oncologie et Physiopathologies des dyslipidémies), le Centre d’Investigation Clinique, le service d’hépatogastro-entérologie du CHU de Dijon, le Centre Anticancéreux Georges-François Leclerc (CGFL) de Dijon, ainsi que l’équipe Œil et Nutrition de l’INRAE de Dijon. Par ailleurs, les travaux menés au sein de ce premier axe de recherche du groupe BMH sont intégrés dans l'axe V "Maîtrise des échecs thérapeutiques" et le réseau structurant « Radiations Ionisantes en BIOlogie, THérapies combinées et Imagerie Moléculaire – RIBIOTHIM-onco » du Cancéropôle Grand-Est, ainsi que dans ceux du Laboratoire d’Excellence LipSTIC créé en 2012 et renouvelé en 2017 (Figure 1).
Les principaux objectifs visent à :
Dans l’optique de recherche de nouvelles molécules bioactives, notre équipe étudie le potentiel préventif ou thérapeutique de molécules ou de formulations bioactives afin soit de prévenir l’apparition de pathologies (pathologies dégénératives du type DMLA, cancers, inflammation, maladies auto-immunes, ), soit d’augmenter leur sensibilité aux thérapies conventionnelles. Cette augmentation de sensibilité est importante en clinique car la toxicité des médicaments est souvent un facteur limitant l’utilisation de ces substances. C’est pourquoi une augmentation de la sensibilité doit permettre d’abaisser les seuils thérapeutiques et d’améliorer les taux de réussites thérapeutiques. Cet axe de recherche à fort potentiel de valorisation à destination des industriels pour l’étude des effets santé de xénobiotiques, alicaments et molécules naturelles à visée nutritionnelle ou thérapeutique (Figure 2) a pour but:
Une expertise et un accompagnement dans la réalisation des projets de recherches sont réalisés avec la possibilité d’établir des contrats de recherche et développement dans le cadre du crédit impôt-recherche.
La radiothérapie (RT) est un des acteurs majeurs du traitement du cancer, avec la chirurgie, la chimiothérapie et maintenant l’immunothérapie (IT). Elle a de nombreuses indications, seule ou en combinaison avec d’autres traitements.
Historiquement la RT est délivrée aux patients par des fractions/séances de 2-3 Gy (schéma normofractionné) permettant de traiter des volumes importants en limitant les toxicités. L’avancée des techniques de radiothérapie (IMRT guidée par l’image, Stéréotaxie…) permet de délivrer de fortes doses par fraction (hypofractionnement pouvant aller jusque 20 Gy par fraction) en limitant au maximum les organes à risque avoisinant la tumeur et ainsi limiter les toxicités radio-induites.
La radiothérapie a une action directe sur la survie des cellules tumorales mais aussi sur le système immunitaire. Selon des conditions d’administrations de la RT (schéma de fractionnement, particules utilisées, volumes irradiées, débit de dose…) la réponse immunitaire induite radio-induite peut varier.
Dans notre équipe nous étudions l’impact de ces paramètres de la RT sur la réponse-immuno activatrice anti-tumorales et immuno-suppressive pro-tumorale afin d’optimiser des combinaisons de RT avec des immunothérapies adaptées.
Figure 1 : Selon le schéma de fractionnement utilisé, la radiothérapie induit le recrutement de différents types de cellules immunitaires au sein de la tumeur irradiée ainsi que l’expression de différents types de cibles d’immunothérapie (Boustani et al., 2019, Cancers)
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Immunobiologie des réponses immunitaires anticancéreuses